朱由检当了皇帝，魏忠贤吊死阜城，王之荩重新回归朝廷，并接连不断得到提升。崇祯二年，升为中都副留守。他所领导的军队是一支防护明皇陵的部队，下辖八卫一所：凤阳右卫、凤阳中卫、皇陵卫、凤阳卫、留守左卫、留守中卫、长淮卫、怀远卫和洪塘千户所。按照明代班军制度，秋季中都军需进京修防，也就是中都军要派士兵进京操练，同时参与京师的工程建设。过去，中都军进京士兵多雇用一些闲杂人顶数。这次进京，由王之荩带领，他全不按旧例，带领的都是自己的士兵。

崇祯二年，是大明王朝不安宁的一年。这一年既有对魏忠贤及其党羽的处理，也有在京官员的考察和处分；地方上出现了旱灾，造反的苗头又有抬头，北部边境也不安宁，后金政权严重的威胁着明王朝。

王之荩到了京城，那时毛文龙领兵镇守东江，与后金打仗，袁崇焕打算调动毛文龙。王之荩认为毛文龙在辽东牵制着后金力量，不能轻易调动，便向朝廷上奏折，说毛文龙镇守东江没见有什么罪过，轻易处置会使边帅灰心。再说毛文龙确实在东江有战功，牵制着后金。人心安定，全靠有东江做依靠。一旦调动，对我们不利。奏折说的在情在理，兵部尚书王洽大加称赞。只是当时朝中派系相争，王之荩的建议没有得到重视。最终还是袁崇焕杀死了毛文龙。

时隔几个月，正如王之荩所预见的，轻易处置毛文龙，对大明王朝不利。袁崇焕杀死毛文龙几个月后，于崇祯二年十月二十七日，大清兵分三路大举进犯，一路攻打入大安口；一路攻入龙井关，一路攻打洪山口，明军队中的一些将领或战死疆场，或败逃，甚至有的还投降了后金。人们在这时才知道王之荩的判断是正确的。

面临后金的进犯，明王朝面临危机，王之荩又向兵部尚书进言，涉及五个方面：补月饷，压欠禁，汰省饰，说武弁丁艰，封赠宜准文职。这五个方面都涉及到提高军队战斗力问题，文中还谈到选拔将才，重视将帅的职权，以及收复辽的失地，蓟州守卫等重要内容。娓娓千余言，兵部尚书拿着他写的这份书信，连读几遍都不忍放下。连称之荩真是一个好将官。但毕竟当时的兵部尚书不为当权的重视，最终之荩的建议也得不到施行。

蓟州被后金包围，王之荩认为遏止敌军应在此时。曾写下奏章，打算调动原先在真定、保定训练的战士，到前线御敌。当时明王朝调动军队首先要通知内阁，内阁同意后才能调动，再加上调动军队也需要时间，恐怕等把真定、保定的军队调来了，却早已丧失战机，结果没有调成。

眼看着后金逼近京城，十一月，京师戒严。之荩奉命守卫京城一个城门。这时督军袁崇焕也退至京城下，袁崇焕以兵马长途奔波，疲惫不已为由，请求入城休整。王之荩听说袁崇焕请求入城休整的消息时，简直是怒发冲冠，他认为，督军带领力量雄厚的军队，在遵化抵抗入侵之敌，结果敌人不费一刀一箭之力，便长驱直入，边关守将不能力抵来犯之敌，导致敌人将杀到京城，如今却用休整为要挟，这不是想定城下之盟吗？半夜给兵部尚书写信，说这个袁崇焕就像唐朝的王驾鹤一样掌握军中大权，难以驾驭，你要如当年的崔祐甫，一边招王驾鹤谈话，一边派白志贞接管王驾鹤的军权那样，重新任命督军。可惜的是，王之荩的书信还没送出，兵部尚书王洽却被罢官了。

宣大总督及宣府、保定、河南、山东、山西巡抚，闻京城戒严，都奏请率师入卫，敌军开始撤退，京城解围。在京师保卫战中，兵部官员更加了解了这位进京班师的中都副留守，纷纷举荐王之荩，朝廷授予之荩副留守加衔游击将军。明毅宗朱由检考虑边防颓圯，命令兵部尚书挑选战士跟随之荩修复三屯营等戌所。按照惯例，带兵修筑边疆营所，可以领行军粮、盐、菜，之荩却没有这样做。为国家省了银子八百多两，粮食五百多石，留在戍所作为储备。皇上对他的做法极力赞赏，诰授王之荩为昭勇将军，并颁发诰命赠封他的三代人。

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